Hola Carlos e Ignacio,
Vamos a ver,
Hechos probados:

La versión 2 de la Märklin Central Station (la del upgrade) se anuncia como preparada para ser conectada al ordenador.

Märklin también anunció que facilitaría el protocolo de interface a los desarrolladores, pero esto no lo ha hecho aun.

Una CS configurada en el TC como si fuese una ECoS, funciona pero sin soporte oficial. Desconozco si funciona al 100% o si hay algo que no funciona.
Especulaciones y rumores: (pero bastante fundamentados)

Märklin quiere cobrar royalties a los desarrolladores para facilitarles el protocolo de interface. Era la idea original del Systems, en el que el programa lo hacía WinDigital pero lo comercializaba M*. Debido a que Jan Abbink (el de WinDigital) se ha jubilado no se pudo llevar a cabo. Los desarrolladores no quieren soltar un duro (euro, peso)

El funcionamiento de la CS configurandola como ECoS funciona a día de hoy, pero nada garantiza que lo haga mañana. Puede ser impedido tanto por parte de Freiwald como por parte de M*.
En resumen, yo a mis amigos que quieren seguir controlando por ordenador, a día de hoy no les recomendaría la CS. Quizás la situación se aclare en un par de meses.
Un abrazo,
JM